El coste de la regeneración (producción del agua regenerada) y de la reutilización (provisión del agua regenerada al usuario) suele ser un reto importante para la implantación de las iniciativas de reutilización, ya que la referencia tradicional de los usuarios es el coste tan reducido de las aguas superficiales y subterráneas que han venido usando hasta ahora. Conviene indicar que será muy difícil, o imposible, que esas condiciones económicas históricas puedan mantenerse en el futuro, a medida que los recursos disponibles sean menos fiables, debido a la creciente irregularidad pluviométrica y el aumento de población.

Los territorios que han registrado intensos episodios de sequía, especialmente plurianuales como los ocurridos (2012-2017) y en curso de realización (2020-hoy) en California han aprendido “por necesidad” a valorar la fiabilidad que las aguas regeneradas aportan para el suministro a los más diversos usos del agua, llegando a acuñar la conocida expresión de que el “agua más cara es la que no se puede comprar”.

La Región de Murcia fue pionera en este campo cuando redacto su plan de saneamiento en 2001. Incluyó el coste de la regeneración del agua para riego agrícola en el canon del agua que todos los ciudadanos de la región pagan por usar el agua en sus hogares. De ese modo, los usuarios del agua regenerada solo tienen que sufragar los costes de trasladar el agua desde la ERA hasta sus puntos de almacenamiento o uso. De modo similar, la Agencia Catalana del Agua aprobó en 2020 una línea de subvenciones dirigida a las entidades locales para impulsar los proyectos de reutilización de agua, la redacción de planes directores de reutilización de agua y la realización de pruebas piloto sobre reutilización. El Consorci d’Aigües Costa Brava Girona tiene establecidas tarifas para diferentes aprovechamientos no potables del agua regenerada.